A Baranyai Református Egyházmegye Levéltára a gyűjtőköréhez tartozóan az iratokon kívül muzeális tárgyak megőrzését is felvállalja. Jelenleg a következő muzeális gyűjteményeket őrzi a levéltár:
- A kákicsi Kiss Géza Emlékmúzeum gyűjteménye.
- Klenódiumgyűjtemény.